Диссертация
Рябых Григорий Кириллович
Кандидат наук
Статус диссертации
Член - корреспондент РАН Доктор наук
Карягина-Жулина Анна Станиславовна
Доктор наук Профессор
Колпаков Федор Анатольевич
Доктор наук
биологические науки
Диссертационная работа посвящена разработке методов и аналитической инфраструктуры для систематического изучения РНК-хроматинового интерактома. В работе собраны и унифицированно обработаны общедоступные полногеномные данные РНК-хроматиновых взаимодействий, полученные методами «один-против-всех» (взаимодействия конкретной РНК со всеми локусами хроматина) и «все-против-всех» (взаимодействия всех РНК со всеми локусами ДНК). Создана специализированная база данных RNA-Chrom с веб-интерфейсом для хранения, визуализации и анализа взаимодействий РНК с хроматином. Разработан инструмент Fastq-dupaway для ресурсоэффективного удаления ПЦР-дубликатов из данных высокопроизводительного секвенирования. Выполнена интеграция RNA-Chrom с базой HiMoRNA для функциональной аннотации длинных некодирующих РНК и генерации гипотез об их роли в эпигенетической регуляции генов. Проведен сравнительный анализ данных «один-против-всех» и «все-против-всех», количественно охарактеризованы их разрешение, воспроизводимость и специфичность. Предложена практическая стратегия повышения достоверности анализа данных РНК-хроматинового интерактома.
| # | Название файла | Размер |
|---|---|---|
| 1 | Отзыв научного руководителя (консультанта) | 577 KB |
| 2 | Автореферат | 599 KB |
| 3 | Диссертация | 15 MB |
| 4 | Сведения о научных руководителях (консультантах) | 307 KB |
| 5 | Протокол приема диссертации к защите | 60 KB |