Диссертация

В данной работе впервые собран транскриптом на уровне отдельных промоторов, активных в эмбриональном развитии домашней курицы (Gallus gallus), как модели развития амниот, включая ранние стадии от 1.5 ч до стадий перед проклевыванием - 20 д. Методом CAGE было аннотировано более 30 тысяч промоторов. Для отдельных этапов развития и типов клеток найдены специфичные промоторы, а также соответствующие им транскрипционные факторы, проведена валидация экспрессии путем гибридизации in situ (PRRX1, VEGFD, LHX9, HOXA11, CRABP1 и HOXD10). Впервые показано, что метод активации генов in vivo с помощью системы CRISPR-on применим для куриного эмбриона, при условии, что известно точное положение точек инициации транскрипции этих генов (Brachyury, SNAI1, CDH1, MMP11 и DENND5B). Впервые в данной работе проведен анализ транскриптома в экспериментах с обратимым охлаждением куриных эмбрионов. Данные CAGE эмбриогенеза были интегрированы на общедоступной интерактивной платформе геномного браузера Zenbu.