Диссертация

Объект исследования – нуклеотидные последовательности геномов вирусов, принадлежащих семействам Picornaviridae, Caliciviridae, Astroviridae, Coronaviridae. Цель работы – провести анализ генетического разнообразия, изменчивости и рекомбинации у ряда социально значимых (+)РНК-вирусов млекопитающих, принадлежащих семействам Picornaviridae, Caliciviridae, Astroviridae и Coronaviridae. Проведен систематический анализ рекомбинации в семействах (+)РНК-вирусов Caliciviridae, Astroviridae и Coronaviridae с помощью классических методов детекции рекомбинации, а также методов, разработанных автором диссертации. Показано, что профили рекомбинации внутри участков генома, кодирующих структурные и неструктурные белки, различаются между семействами, но сходны внутри одного семейства РНК-вирусов. Для калицивирусов характерен обмен целыми блоками генов неструктурных и структурных белков и крайне редкая рекомбинация внутри участков, кодирующих структурные и неструктурные белки. Для астровирусов характерен обмен целыми блоками генов неструктурных и структурных белков и умеренная рекомбинация внутри структурных и неструктурных генов. У коронавирусов наиболее часто рекомбинация происходит между геном структурного белка S и другими участками генома. Рекомбинация внутри гена белка S происходит чаще, чем в неструктурной области, причем с большей вероятностью происходит обмен целыми доменами белка S. Гены остальных структурных белков (N, E, M) по профилю естественной рекомбинации соответствуют генам неструктурных белков. Был проведен Байесовский филогенетический анализ фрагментов генома, кодирующих капсидные белки, для 32 типов энтеровирусов. Показано, что глобальная популяция энтеровирусов разных типов регулярно подвергалась «бутылочным горлышкам», что приводило к вымиранию линий. Отдельные типы могут регулярно подвергаться почти полному исчезновению практически в глобальном масштабе даже в течение десятков лет, однако не зафиксировано ни одного примера безвозвратного исчезновения типа энтеровируса. Определены последовательности типирующих фрагментов VP1 коксакивирусов А2, ассоциированных со случаями острого вялого паралича, выделенных в рамках надзора за неполиомиелитными энтеровирусами с 2001 по 2020 год. Опровергнута гипотеза о возникновении варианта коксакивируса А2 с измененными патогенетическими характеристиками.