Диссертация

Ссылка на видеотрансляцию защиты: https://conf.distant.msu.ru/live/Sovetbio Задать вопросы соискателю, в соответствии с процедурой во время научной дискуссии можно ученому секретарю в течение заседания по защите на адрес электронной почты диссертационного совета. Целью данной работы является исследование разнообразия микроорганизмов аэрозоля и поверхностей городской среды на примере станций Московского метрополитена и инфекционной больницы. Задачи: 1. Сравнение различных методов сбора образцов биоаэрозоля, поиск наиболее оптимальных с точки зрения количественного и качественного анализа состава микробиома; 2. Исследование разнообразия культивируемого микробиома биоаэрозоля воздуха и поверхностей некоторых станций Московского метрополитена; 3. Выявление микроорганизмов, в составе микробиома Московского метрополитена, обладающих устойчивостью к антимикробным препаратам; 4. Исследование состава некультивируемого микробиома метрополитена в зависимости от времени и места сбора; 5. Исследование композиции биоаэрозоля воздуха и поверхностей в условиях стационара инфекционной больницы в период распространения вируса SARS-CoV-2; 6.Исследование микробиома различных поверхностей инфекционной больницы с целью обнаружения резервуаров нозокомиальных инфекций и патогенных микроорганизмов, потенциально вызывающих сочетанные инфекции у пациентов с COVID-19. Научная новизна: В работе была продемонстрирована эффективность различных методов сбора, среди которых комбинация на основе аэрозольного пробоотборника (Cyclone-SASS) и смывов с поверхности (Swab), позволили комплексно охарактеризовать микробиома и разработать протокол анализа для последующих исследований. Проведенный анализ культивируемого микробиома позволил выявить на уровне рода до 30% всего разнообразия, что позволило выделить и охарактеризовать 48 морфотипов. Использование комбинации метапрофилирования 16S rRNA и микробиологического анализа позволили оценить разнообразие в аэрозоле воздуха как с точки зрения представленности различных микроорганизмов, так и по количеству выявляемых резистентных изолятов. Впервые были определены профили устойчивости бактерий к различным антибактериальным препаратам микроорганизмов выделенных в составе сред на станциях Московского метрополитена. Был показан вклад вариабельных регионов в бактериальное разнообразие при метапрофилировании. Проведенный сравнительный анализ доступных исследований микробиомов Московского метрополитена продемонстрировал наличие «корового» ядра, преимущество состоящие из различных комменсальных видов и а также почвенных и водных микроорганизмов. В работе была продемонстрирована возможность использования разработанного протокола для молекулярной эпидемиологии для идентификации РНК SARS-CoV-2 и характеристики состава микробиома аэрозоля и поверхностей в COVID-стационаре.