Диссертация

Работа посвящена поиску и изучению новых антибиотиков ингибиторов синтеза белка. Был разработан метод, основанный на индукции экспрессии репортерного флуоресцентного белка Katushka2S при сублетальной концентрации ингибиторов синтеза белка. Большинство существующих репортерных систем позволяет определять антибиотики, относящиеся к конкретному классу и имеющие структурное сходство. Созданная репортерная система, основанная на модифицированном аттенюаторе триптофанового оперона E. coli, дает возможность детектировать широкий набор различных ингибиторов трансляции, которые не имеют между собой структурного сходства и взаимодействуют в разными субчастицами рибосомы. Эти антибиотики объединены общим механизмом действия: ингибированием рибосомы на стадии элонгации трансляции. При помощи разработанной системы обнаружены два новых ингибитора синтеза белка – тиазол-оксазол-модифицированный пептид клебсазолицин и антибиотик, содержащий изокумариновую группу, амикумацин А. Изучение механизма их действия при помощи биохимических и структурных методов показало, что клебсазолицин, как макролиды и стрептограмины Б, блокирует продвижение пептида по туннелю, а амикумацин А действует по новому механизму: препятствует транслокации за счет образования контакта между 16S рРНК и мРНК. В ходе работы получены новые данные о механизме действия стрептограминов класса А. Оказалось, что эти антибиотики не препятствуют связыванию А- и Р-сайтовых тРНК, но нарушают правильное позиционирование их 3’-концов, а также приводят пептидил-трансферазный центр рибосомы в неактивное состояние, что в итоге блокирует рибосому и ингибирует синтез белка. В ходе работы найдены новые антибиотики - ингибиторы синтеза белка. Проведенный в работе биохимический и структурный анализ взаимодействия антибиотиков с рибосомой открывает дорогу для создания новых антибактериальных препаратов.