Диссертация

На основании проведенного комплексного исследования ферментативных реакций разрыва P-O связи в четырнадцати системах было предложено в качестве критериев определения типа механизма реакции использовать распределение длины разрываемой связи и лапласиан электронной плотности вдоль линии разрываемой связи. Применение предложенных критериев позволило установить, что реакция фосфорилирования в активном центре протеинкиназы А и удлинение цепи ДНК в активном центре ORF2p протекает по диссоциативному пути, а гидролиз органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE по ассоциативному. Данные результаты были подтверждены молекулярным моделированием механизмов реакций. При выполнении работы использовались современные подходы молекулярного моделирования, включая комбинированный подход квантовой механики и молекулярной механики, а также метод молекулярной динамики и метод зонтичной выборки. Комбинация этих методов позволила провести детальный анализ механизмов ферментативных реакций.