Диссертация

Кривицкая Александра Вячеславовна

Кандидат наук

Статус диссертации

30.10.2024 
Диплом Кандидат наук
21.10.2024 
Решение о выдаче диплома
21.10.2024 
Положительное заключение АК
19.09.2024 
На рассмотрении в АК
20.06.2024 
Положительная защита
14.05.2024 
Объявление опубликовано
25.04.2024 
Принят к защите
24.04.2024 
Заключение комиссии
23.04.2024 
Документы приняты
Тема диссертации

Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций, связанных с бактериальной резистентностью к β-лактамным антибиотикам

ФИО соискателя
Кривицкая Александра Вячеславовна
Степень на присвоение
Кандидат наук
Приказ о выдаче диплома
№ 1340 от 30.10.2024
Дата и время защиты
20.06.2024 16:00
Место проведения защиты
119991 Москва, Ленинские горы, д.1, стр. 24, ауд. «Новая»
Научный руководитель
Хренова Мария Григорьевна
Доктор наук
Оппоненты
Шайтан Алексей Константинович
Член - корреспондент РАН Доктор наук
Щекотихин Андрей Егорович
Профессор РАН Доктор наук Профессор
Полынская Юлия Геннадьевна
Кандидат наук
Место выполнения работы
Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук, группа молекулярного моделирования института биохимии им А.Н. Баха
Специальность
1.5.8. Математическая биология, биоинформатика
физико-математические науки
Диссертационный совет
МГУ.015.5
Телефон совета
+7 495 939-02-89

В работе проведено систематическое сравнение методов описание квантовой подсистемы при проведении расчётов профилей энергии Гиббса методом молекулярной динамики с комбинированными потенциалами квантовой механики/молекулярной механики на примере реакции гидролиза нитроцефина металло-β-лактамазой L1. Наилучшим образом согласуется с экспериментальными данными расчет методом Кона-Шэма с функционалом PBE0-D3. Установлены механизмы реакции гидролиза антибиотика имипенема металло-β-лактамазами L1 и NDM-1, и проведена интерпретация различного состава продуктов, наблюдаемая в эксперименте. Показано, что мутации в гене, кодирующем пенициллин-связывающий белок 2 из Neisseria Gonorrhoeae, влияют как на связывание цефтриаксона, так и на механизм его ацилирование, что объясняет экспериментально наблюдаемое изменение эффективного каталитического параметра k2/KS. Предложены уравнения, определяющие взаимосвязь рассчитываемых микроскопических параметров и экспериментально наблюдаемых свойств системы, для прогнозирования новых соединений: медленно гидролизующихся β-лактамных антибиотиков и более эффективных ингибиторов класса органических бороновых кислот металло-β-лактамазы NDM-1.