Диссертация

Работа посвящена изучению начальных этапов функционирования системы репарации «мисматчей» (MMR). Целью работы является детализация механизма взаимодействия белков MutS и MutL из системы MMR с ДНК с помощью новых типов реакционноспособных ДНК-дуплексов. В результате работы сконструированы новые типы ДНК-лигандов: ДНК-дуплексы, содержащие β-дикетогруппу в 2’-положении dU; ДНК-дуплексы, несущие пиридилдисульфидную или акриламидную группу на линкерах различной длины при С5-атоме dU. С помощью предложенных ДНК продемонстрировано: взаимодействие Arg белков MutS и MutL с β-дикетогруппой в ДНК-фрагменте; изменение положения ДНК при конформационных перестройках MutS; новое конформационное состояние MutS из Е. coli. Кроме того, прозондированы контакты MutL c ДНК и получены данные о сближенности эндонуклеазного домена MutL с ДНК. Также разработан универсальный метод выделения активных ДНК-белковых конъюгатов и метод изучения функций белков, основанный на сочетании «кросслинкинга» и FRET.