Warning: Undefined property: Dissovet\Models\Dissertation::$performed_in_place2 in /var/www/application/Models/Dissertation.php on line 298
Диссертация

Диссертация

Евсеев Петр Владимирович

Кандидат наук

Статус диссертации

29.11.2023 
Диплом Кандидат наук
20.11.2023 
Решение о выдаче диплома
17.11.2023 
Положительное заключение АК
09.10.2023 
На рассмотрении в АК
22.06.2023 
Положительная защита
17.05.2023 
Объявление опубликовано
11.05.2023 
Принят к защите
05.05.2023 
Заключение комиссии
12.04.2023 
Документы приняты
ФИО соискателя
Евсеев Петр Владимирович
Степень на присвоение
Кандидат наук
Приказ о выдаче диплома
№ 1541 от 29.11.2023
Дата и время защиты
22.06.2023 17:00
Место проведения защиты
119234, Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 73, Факультет биоинженерии и биоинформатики, ауд. 221
Научный руководитель
Мирошников Константин Анатольевич
Член - корреспондент РАН Доктор наук
Оппоненты
Никитин Николай Александрович
Доктор наук
Шайтан Константин Вольдемарович
Доктор наук Профессор
Белалов Илья Шамильевич
Кандидат наук
Место выполнения работы
Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук, отдел молекулярной биологии и биотехнологии растений
Специальность
1.5.8. Математическая биология, биоинформатика
биологические науки
Диссертационный совет
Телефон совета
+7 495 939-13-57

Задача определения таксономического положения фагов имеет как практическое значение, позволяя предсказывать биологические свойства бактериофагов, так и теоретическое фундаментальное значение для эволюционной биологии и вирусологии. На настоящий момент классифицировано только порядка десяти процентов бактериофагов с известными геномами, причём большая часть на уровнях рода без отнесения к подсемействам, семействам и отрядам.

В работе проанализирована применимость биоинформатических методов для таксономического описания бактериофагов на примере новых бактериофагов, инфицирующих патогены растений Curtobacterium и Pectobacterium, а также на примере малоизученного фага Pseudomonas MD8 с помощью комплексного геномного и филогенетического анализа. Проанализированы результаты предсказания структуры белков с помощью новых алгоритмов глубокого обучения и возможность их использования для построения эволюционно-биологически осмысленной иерархической классификации.

Таксономический анализ позволил классифицировать фаги Pectobacterium PP47, PP81, Q19 на уровнях рода, подсемейства и семейства и выше, фаги Pectobacterium Possum и Horatius на уровнях рода и семейства, а также указал высокое таксономическое разнообразие бактериофагов, инфицирующих бактерии рода Pectobacterium. Было показано, что фаг Curtobacterium Ayka представляет новое семейство или подсемейство, а профаговые области геномов бактерий рода Curtobacterium могут представлять собой интактные профаги, родственные умеренным актинофагам, требующие классификации в новые таксоны ранга рода и выше. Геномный и филогенетический анализ указали на высокую интенсивность горизонтальных переносов между различными умеренными фагами, инфицирующими Pseudomonas aeruginosa, вызвавший ярко выраженный генетический мозаицизм фага Pseudomonas MD8, затрудняющий его таксономическую классификацию. Анализ предсказаний структуры белков с помощью новых алгоритмов глубокого обучения показал возможность использования сходства предсказанных структур для выявления глубоких эволюционных связей и построения классификационной системы таксонов высокого ранга.