Диссертация

В работе представлен анализ данных из оригинальной работы по изучению РНК-ДНК интерактома с помощью метода Red-C, опубликованный впервые. Данные подобного типа появились в 2017 году, представлены всего лишь в нескольких публикациях и предоставляют возможность изучать РНК, ассоциированные с хроматином, не имея никаких априорных знаний об этих РНК. Предложенный алгоритм анализа разработан специально для протокола Red-C, однако может быть с легкостью применен и к результатам, полученным с помощью других схожих протоколов. Для аннотации РНК-частей генами была разработана процедура голосования, учитывающая случаи неоднозначной аннотации. На основании дополнительной информации об уровне экспрессии разработана и рассчитана метрика хроматинового потенциала. Предложен подход к изучению характера взаимодействия РНК с хроматином. Несмотря на то, что авторы аналогичных работ отмечали, что наблюдают фрагменты РНК, которые детектированы как контактирующие с ДНК, но не попадали в генную разметку, анализ таких РНК-частей произведен не был. В данной работе таким неаннотированным РНК-частям уделено особое внимание, в результате чего удалось собрать гипотетически новые хроматин-ассоциированные РНК.