Warning: Undefined property: Dissovet\Models\Dissertation::$performed_in_place2 in /var/www/application/Models/Dissertation.php on line 298
Диссертация

Диссертация

Николаева Ольга Владимировна

Кандидат наук

Статус диссертации

29.12.2022 
Диплом Кандидат наук
21.12.2022 
Решение о выдаче диплома
16.12.2022 
Положительное заключение АК
09.11.2022 
На рассмотрении в АК
22.06.2022 
Положительная защита
16.05.2022 
Объявление опубликовано
13.05.2022 
Принят к защите
11.04.2022 
Заключение комиссии
04.04.2022 
Документы приняты
ФИО соискателя
Николаева Ольга Владимировна
Степень на присвоение
Кандидат наук
Приказ о выдаче диплома
№ 1582 от 29.12.2022
Дата и время защиты
22.06.2022 15:00
Место проведения защиты
г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 73.
Научный руководитель
Алёшин Владимир Вениаминович
Доктор наук
Оппоненты
Животовский Лев Анатольевич
Доктор наук Профессор
Холодова Марина Владимировна
Доктор наук
Римская-Корсакова Надежда Николаевна
Кандидат наук
Место выполнения работы
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского, Отдел эволюционной биохимии
Специальность
03.01.09 Математическая биология, биоинформатика
биологические науки
Диссертационный совет
Телефон совета
+7 495 939-13-57

В настоящее время нуклеотидные и аминокислотные последовательности используются для реконструкции филогении чаще, чем морфологические признаки. Использование молекулярных признаков позволяет преодолевать ошибки в систематике и таксономии, а также сравнивать между собой организмы высоких таксономических рангов даже при отсутствии у них сопоставимых морфологических признаков. Митохондриальная ДНК является популярным маркером для филогенетических исследований благодаря таким уникальным особенностям, как множественная копийность в отдельных клетках, относительно малый размер генома, преимущественное наследование по материнской линии без рекомбинации и высокая частота нуклеотидных замен. Митохондриальные гены отличаются высокой консервативностью набора в сочетании с высокой частотой мутаций и наличием как консервативных, так и вариабельных сайтов, что упрощает подбор праймеров и обеспечивает значимый филогенетический сигнал. В данной работе проведено изучение структурных и эволюционных особенностей быстро эволюционирующих (дивергентных) митогеномов беспозвоночных животных и исследована применимость различных типов анализа молекулярных данных для поиска родственных связей на основе митохондриальной ДНК. Были использованы молекулярно-генетические (секвенирование ДНК и РНК, обработка ДНК рестриктазами и нуклеазами), биоинформатические (аннотация митогеномов, определение первичных и вторичных нуклеотидных последовательностей, анализ порядка генов, филогенетический анализ, анализ синапоморфий) и статистические методы научного исследования. Было аннотировано восемь митохондриальных геномов беспозвоночных животных: киноринх (Echinoderes svetlanae и Pycnophyes kielensis), ортонектид (Intoshia linei), дициемид (Dicyema sp.) волосатиков (Gordionus alpestris, Gordionus wolterstorffii, Gordius sp. и Chordodes sp.). Полученные данные были использованы для предсказания аминокислотных последовательностей кодируемых белков, тРНК и рРНК, а также проведения филогенетического анализа. Полученные результаты расширяют выборку доступных для анализа последовательностей митохондриальных геномов беспозвоночных животных, в том числе предсказанных аминокислотных последовательностей митохондриальных белков и вторичных структур тРНК. Найден метод оценки частот гомоплазии одиночных аминокислот и порядка митохондриальных генов с применением базы данных RefSeq. Показано, что вероятность независимого появления одинаковых аминокислот в митохондриальных белках, оцененная по базе данных RefSeq, может быть применена в филогенетическом анализе. Применение модели сайт-специфичных замен (САТ) в филогенетическом анализе позволило снизить или преодолеть эффект притяжения длинных ветвей (LBA). Синапоморфии одиночных аминокислот и порядка расположения митохондриальных генов могут применяться как дополнительный метод при анализе родства даже в случае сильно дивергированных последовательностей. Ортонектиды и дициемиды не группируются в монофилетичный таксон Mesozoa.

# Название Размер